Výskumný ústav dopravný v takmer polstoročnej existencii plnil významné úlohy s celospoločenskými a národohospodárskymi dôsledkami, čo vyplýva z riešenia významných výskumných úloh v oblasti tvorby a realizácie dopravnej politiky. S tým súvisí rozsiahle know-how, ktoré ho kvalifikuje na zaradenie do vedecko-výskumnej základne Slovenskej republiky, čo je potrebné považovať za jeden z hlavných smerov strategického zamerania VÚD.

V roku 1979 bola založená pobočka VÚD v Bratislave (so sídlom v Prístave Bratislava) so zameraním na vodnú dopravu. V začiatkoch svojho jestvovania bolo toto pracovisko zamerané na riešenie otázok progresívnych typov lodí a progresívnych prepravných technológií (systém RO-RO, lode typu rieka-more), prístavov a ich prekládkových technológií, budovanie nových vodných ciest v SR (splavnenie Váhu, Moravy atď.) a pod. Väčšina úloh boli riešené pre potreby Federálneho ministerstva dopravy ČSSR a ČSFR, od roku 1993 Ministerstva dopravy pôšt a telekomunikácií SR (nakoľko celý ústav spadal organizačne pod uvedené inštitúcie).

V polovici 90-tych rokov sa začal rozvoj medzinárodnej spolupráce v oblasti výskumu vodnej dopravy a pracovisko vodnej dopravy sa začalo zameriavať týmto smerom. V súčasnosti hlavná časť činnosti je zameraná na spoluprácu v rámci medzinárodných projektov EÚ v rôznych programoch Európskej komisie týkajúcich sa hlavne telematických a informačných technológií (napríklad COMSINE I and II, BESTUFS I and II, ALSO Danube, COMPRIS, atď.). V poslednej dobe sa stalo detašované pracovisko vodnej dopravy vedúcim pracoviskom v oblasti riešenia Riečnych informačných služieb na Slovensku. Z oblasti základného zamerania pre potreby SR pracovisko VUD, a.s. v Bratislave je garantom normalizácie vodnej dopravy pre potreby SR (preberanie EN a ďalších medzinárodných noriem do sústavy noriem SR – normotvorba, odborná terminológia vodnej dopravy atď.) a problematiky malých plavidiel a turistickej plavby na vodných cestách SR z aj hľadiska noriem vodnej dopravy. Spolupracuje ako MDPT SR ako i s radom ďalších inštitúcií.